Die gesamte Forschung der Abteilung für Bioinformatik wird durch die Aspekte der industriellen Anwendbarkeit, konkrete Problemlösungen und mittelfristige Ertragserlöse getrieben. Sobald eine Lösung für ein spezielles Problem gefunden wurde (in der Regel auf Basis eines Prototypen), gehen wir strategische Allianzen mit industriellen Lösungsanbietern ein, um die Entwicklung weiter voran zu treiben bis zur marktfähigen Software. Dies sind typischer Weise kleine oder mittelständige Software Häuser.
Die Forschungsaktivitäten der Abteilung Bioinformatik konzentrieren sich auf drei unterschiedliche Aspekte der modernen Lebenswissenschaften:
Die meisten unserer Grundlagenforschungsprojekte werden durch nationale oder EU Initiativen gefördert. Angepasst an die spezifischen Bedürfnisse unserer industriellen Partner aus der pharmazeutischen und Biotechnologie Branche betreiben wir zielgerichtete anwendungsorientierte Forschung und Entwicklung.
Daneben betreiben wir Grundlagenforschung im Rahmen unserer 
Lehre am Bonn Aachen International Centre for Information Technology (B-IT).